ABOL-BioBlitze dienen der Digitalisierung taxonomischer Expertise im Rahmen der Tage der Artenvielfalt – so wird oft rares, privates Wissen über Artenvielfalt für die Gesellschaft verfügbar gemacht. Diese zentrale Aussage soll der kürzlich im Barcode-Bulletin (iBOL) veröffentlichte Artikel vermitteln.
In Zeiten des rasanten Verlustes an Biodiversität stehen wir vor der Herausforderung, zuverlässige Biodiversitätsdaten so rasch wie möglich zu generieren und zugänglich zu machen. Einen wesentlichen Teil des Wissens über Biodiversität – z.B. über bestimmte Insektengruppen – besitzen private ExpertInnen, oft auch nur wenige Personen. An den Tagen der Artenvielfalt, wie sie mittlerweile fast in allen Bundesländern stattfinden, werden wertvolle Daten generiert und im Rahmen der ABOL-BioBlitze mittels DNA-Barcoding auch genetisch untermauert und über die internationale Datenbank BOLD universell verfügbar gemacht.
Lesen Sie mehr zu diesem Thema in unserem Artikel “ABOL BIOBLITZ: DNA BARCODING SAFEGUARDS TAXONOMIC KNOWLEDGE – The Austrian Barcode of Life (ABOL) initiative uses DNA barcoding to safeguard and make publicly accessible rare knowledge on biodiversity generated in the course of local BioBlitz events

Liebe ABOL- und DNA-Barcoding Community,

vielleicht gibt es sie ja doch – mehr Zeit zum Lesen. Um sicher zu gehen, dass der Lesestoff nicht ausgeht, wollen wir hier auf zwei sehr spannende Publikationen zum Thema DNA-Barcoding aufmerksam machen:

Bei Pflanzen ist eine zuverlässige Artbestimmung mit nur einem genetischen Marker bis jetzt nicht möglich, daher geht die Tendenz in Richtung Sequenzierung gesamter Chloroplastengenome. Dieser Ansatz ist zur Dokumentation von regionalen und nationalen Floren jedoch sehr kostenintensiv. Eine Lösung in Form eines Multi-Marker-Ansatzes hat Harald Meimberg (BOKU) bei der ABOL-Tagung vorgestellt. Eine alternative Methode behandelt die erste hier vorgestellte Publikation.
Inger Alsos et. al beschreiben Genome Skimming als Methode, die neben frisch gesammeltem Pflanzenmaterial, auch die wertvollen Schätze in den Herbarien für DNA-Barcoding und andere genomische Analysen erschließt. Die Erfolgsquoten waren auch bei Herbarmaterial bei den meisten Pflanzenfamilien sehr hoch – in über 1000 Gattungen aus 160 Familien konnten bei über 90% die drei Barcodingmarker (ITS2, matK und rbcL) gewonnen werden. Die Autoren empfehlen Genome Skimming von Herbarmaterial als effiziente und relativ kostengünstige Methode zur Erstellung von DNA-Barcoding Referenzen und für genomische Studien.

Zitat: Alsos, I.G., Lavergne, S., Merkel, M.K.F., Boleda, M., Lammers, Y., Alberti, A., Pouchon, C., Denoeud, F., Pitelkova, I., Pușcaș, M., Roquet, C., Hurdu, B.-I., Thuiller, W., Zimmermann, N.E., Hollingsworth, P.M., Coissac, E. The Treasure Vault Can be Opened: The Treasure Vault Can be Opened: Large-Scale Genome Skimming Works Well Using Herbarium and Silica Gel Dried MaterialPlants 2020, 9, 432.

In der zweiten Publikation wird die Notwendigkeit eines standardisierten quantitativen und qualitativen Insektenmonitorings betont, um die Veränderungen der Insektenfauna in Abundanz, Arten und Artenzusammensetzung erfassen zu können. Die Autoren um Axel Hausmann führten vergleichende Untersuchungen der Insektenfauna in Süd-Deutschland in ökologisch und konventionell bewirtschafteten landwirtschaftlichen Flächen mittels Malaise-Fallen und Lichtfallen durch. Dabei wurde nicht nur die Artenzusammensetzung mittels DNA-Metabarcoding, sondern auch die Biomasse und bestimmte biologische Traits erfasst. Nicht unerwartet wurden in Bioflächen im Vergleich zu konventionell bewirtschafteten Flächen bei Schmetterlingen höhere Biomasse und Artenzahlen, als auch eine höhere Anzahl  an Rote Liste Arten nachgewiesen. Die hier präsentierte Methodik stellt einen zeit- und kosteneffizienten standardisierbaren Ansatz für das Monitoring von Insekten dar.

Hausmann, A.Segerer, A.H.Greifenstein, T., Knubben, J., Moriniére, J., Bozicevic, V., Doczkal, D., Günter, A., Ulrich, W., Habel, J.C. Toward a standardized quantitative and qualitative insect monitoring schemeEcol Evol202000112.

Vor kurzem wurde die Beschreibung einer neuen Pilzart aus der Gattung der Risspilze, Inocybe antoniniana, publiziert. Diese Art ist nach momentanem Kenntnisstand aus Österreich, Deutschland und der Türkei bekannt. Als bevorzugtes Habitat des Mykorrhizapilzes werden Buchenwälder, tw. gemischt mit anderen Baumarten, angegeben. Die neue Art wurde detailliert mit Illustrationen der Mikro- und Makromorphologie beschrieben, sowie auch genetisch anhand von ITS-Sequenzen.  Die österreichische Aufsammlung stammt aus Oberösterreich, nahe Vöcklabruck. Somit können wir eine weitere Art neu für die Wissenschaft und neu für Österreich verbuchen, an der ABOL beteiligt war (HRSM-Projekt Pilze, Univ. Wien).

Publikation:

Bandini, D., Sesli, E., Oertel, B., & Krisai-Greilhuber, I. (2020). Inocybe antoniniana, a new species of Inocybe section Marginatae with nodulose spores. Cite

Die Erstellung der DNA-Barcode-Bibliothek für österreichische Amphibien und Reptilien ist nun abgeschlossen. Analysiert wurden alle heimischen Arten ausgenommen Vipera ursinii rakosiensis (Ungarische Wiesenotter) und Lissotriton helveticus (Fadenmolch), die wahrscheinlich ausgestorben sind bzw. extrem selten und räumlich begrenzt vorkommen.

Im Rahmen der ABOL-Initiative wurden an der Universität Graz 194 DNA-Barcodes, vorwiegend aus Material in wissenschaftlichen Sammlungen, aber auch aus frischem Material, erstellt. Die Identifikation der Arten durch die ermittelten Barcodes war in den meisten Fällen erfolgreich, außer im hybridogenen Artkomplex der Wasserfrösche und Schwanzlurche aus Regionen sympatrischen Vorkommens. Natrix helvetica und Pelophylax bergeri konnten erstmals für Westösterreich nachgewiesen werden. Der Vergleich mit existierenden Daten Europäischer Reptilien und Amphibien bestätigte die gewonnenen Ergebnisse, zeigte aber auch anhand einiger Spezialfälle die Stärken und Limitierungen von DNA-Barcoding bei Amphibien und Reptilien.

DNA-Barcoding stellte sich einmal mehr als effizienter Ansatz zur Artbestimmung aller Entwicklungsstadien heraus, aber auch zur Auffindung neuer, auch invasiver Arten. Diese Daten fungieren einerseits als wichtige wissenschaftliche Grundlage, andererseits auch als Basis für nationale und transnationale Schutzbestrebungen.

Wir gratulieren dem Team zur erfolgreichen Publikation! Lesen Sie hier.

Liebe ABOL-Community

Ein Vorteil von DNA-Barcoding ist die starke internationale Vernetzung der Initiative.

Das Team von Irmgard Krisai-Greilhuber an der Universität Wien hat im Rahmen des HRSM-Projekts DNA-Barcodes eines Pilzes erstellt, dessen Neubeschreibung gerade im Gange war. So konnte Entoloma silvae-frondosae bereits bei seiner Neubeschreibung aus Österreich, Estland, Ungarn, Norwegen, dem russischen Kaukasus und dem Iran nachgewiesen werden. Die Beschreibung der Pilzart findet man unter https://doi.org/10.3767/persoonia.2018.41.12.

Mit herzlichen Grüßen

Euer ABOL-Team

Wer kennt sie nicht aus dem eigenen Garten, die Spanische Wegschnecke? Eine Studie an der BOKU Wien konnte zeigen, dass Citizen Scientists beitragen können, die Häufigkeit von Wegschnecken der Gattung Arion in Privatgärten zu untersuchen. Die Qualität der Bestimmung konnte bei der Studie durch die Verwendung des DNA-Barcoding-Ansatzes gesichert werden.

Die Publikation ist frei verfügbar unter https://bmcecol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12898-018-0179-7.

 

Passend zur Thematik eines Workshops im Rahmen der diesjährigen ABOL-Tagung befasst sich ein Review mit dem Thema “Genetische Methoden in der biologischen Bewertung aquatischer Lebensräume”. Die Publikation bietet Informationen zu Vorteilen und möglichen Fehlerquellen von (e)DNA-Metabarcoding-Ansätzen für die Berechnung biotischer Indizes, bietet Ausblicke in mögliche zukünftige Entwicklungen und gibt Empfehlungen für die zukünftige Integration von DNA-Metabarcoding in routinemäßige Biomonitoring-Programme.

Die Publikation ist zu finden unter https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0048969718316322.

 

Zwei Publikationen zu Gebirgsarten von Nachtfaltern zeigen die Vorteile eines integrativen Ansatzes und die Vorteile internationaler Zusammenarbeit innerhalb der DNA-Barcoding-Community.

Ein Vergleich von Vertretern der Verwandtschaftsgruppe um die Eulenfalterart Agrotis fatidica aus den Alpen, den Pyrenäen, dem Apennin und aus Südnorwegen führte zur Neubeschreibung von zwei Arten.

Die Publikation ist zu finden unter https://nl.pensoft.net/article/23090/.

Eine Studie zu Vertretern der Zünslergattung Udea fand unter anderem Hinweise für Hybridisierung zwischen zwei Arten.

Die Publikation kann unter https://zookeys.pensoft.net/article/22020/ heruntergeladen werden.

 

 

Eine faszinierende neue Publikation befasst sich mit dem Potenzial der Artabgrenzung mittels DNA-Barcodes bei Schmetterlingen (Lepidoptera). Eine internationale Kooperation, unter Beteiligung von Wissenschaftlern des Tiroler Landesmuseums, konnte anhand des bislang größten CO1-Datensatzes nachweisen, dass für einen Großteil der Europäischen Schmetterlinge eine verlässliche Bestimmung mittels DNA-Barcodes möglich ist.

Für eine solche Bestimmung ist wechselseitige Monophylie von Vorteil. Wo diese nicht gegeben ist, sind die Experten gefragt, die richtige Möglichkeit unter mehreren Erklärungen zu finden. Die Veröffentlichung gibt dazu eine schöne Zusammenfassung möglicher Gründe.

Zitat:

Mutanen, M. et al. (2016). Species-Level Para- and Polyphyly in DNA Barcode Gene Trees: Strong Operational Bias in European Lepidoptera. Systematic Biology, 65(6), 1024–1040.

Acerentomon christiani

Liebe ABOL-Gemeinschaft,

es war 2004 als die Studie von Christian & Szeptycki den Leopoldsberg zum weltweiten Biodiversitätshotspot für Proturen machte. Sie wiesen 23 Arten im Boden eines äußerst trockenen Hanges nach. Bei dem Versuch, die Diversität dieser extrem kleinen (1 mm langen) und blinden Bodenbewohner auch genetisch zu untersuchen, konnten 4 weitere Arten am selben Standort nachgewiesen werden, eine davon war neu für die Wissenschaft (Resch et al 2014).

Diese Art wurde nun unter dem Namen Acerentomon christiani formal beschrieben (Shrubovych et al. 2016). Der ermittelte DNA-Barcode wurde als Teil der Artbeschreibung veröffentlicht.

Shrubovych, J., Bartel, D., Szucsich, N. U., Resch, M. C., & Pass, G. (2016). Morphological and Genetic Analysis of the Acerentomon doderoi Group (Protura: Acerentomidae) with Description of A . christiani sp. nov. PLOS ONE, 11(4), e0148033. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0148033
Resch, M. C., Shrubovych, J., Bartel, D., Szucsich, N. U., Timelthaler, G., Bu, Y., Walzl, M., & Pass, G. (2014). Where Taxonomy Based on Subtle Morphological Differences Is Perfectly Mirrored by Huge Genetic Distances: DNA Barcoding in Protura (Hexapoda). PLoS ONE, 9(3), e90653. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0090653

Ab sofort kann auf eine Auswahl wissenschaftlicher und populärwissenschaftlicher Publikationen zum Thema DNA-Barcoding im Allgemeinen und ABOL im Speziellen unter dem Link
https://www.zotero.org/groups/abol_literatur
zugegriffen werden. Die Einstiegsseite der Zotero-Literaturdatenbank zeigt rezent hinzugefügte Beiträge an; bei Aktivierung des Links „Group library“ wird die Struktur der Datenbank (hierarchische Ordnerstruktur) mit allen Einträgen geöffnet.

Noch einige Hinweise zur Nutzung der Zotero-Literaturdatenbank:
Nach erfolgter Auswahl eines Literatureintrags erscheinen rechts oben drei Icons zur weiteren Verwendung:
zotero-icons

 

Mit "Export" werden ausgewählte Zitate für andere Anwendungen exportiert.

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Mit "Cite" werden ausgewählte Zitate in verschiedenen Zitierstilen ausgegeben.

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Mit "Library Settings" kann die Ansicht der Literaturliste angepasst werden.

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Liebe Barcoding-Interessierte,

wir möchten darauf hinweisen, dass 2015 bereits drei Publikationen über Barcoding von österreichischen Lepidopteren veröffentlicht wurden:

Anfang des Jahres präsentierten P. Huemer und P.D.N Hebert eine Barcode-Bibliothek, die 1489 Schmetterlingsarten aus Vorarlberg umfasst, darunter 36 Landesneufunde und 2 Erstnachweise für Österreich.

Zitat: 

Huemer, P., & Hebert, P. D. N. (2015). DNA-Barcoding der Schmetterlinge (Lepidoptera) Vorarlbergs (Österreich) - Erkenntnisse und Rückschlüsse. inatura – Forschung online, 15, 1–36. http://www.inatura.at/forschung-online/ForschOn_2015_015_0001-0036.pdf Cite

Eine weitere Publikation stellt die Ergebnisse der taxonomischen Revision der Gattung Kessleria vor. Ein integrativer Ansatz aus Morphologie und DNA-Barcoding konnte für Europa 24 Arten verifizieren und 5 neue Arten beschreiben.

Zitat: 

Huemer, P., & Mutanen, M. (2015). Alpha taxonomy of the genus Kessleria Nowicki, 1864, revisited in light of DNA-barcoding (Lepidoptera, Yponomeutidae). ZooKeys, 503, 89–133. https://doi.org/10.3897/zookeys.503.9590 Cite

Des Weiteren wurde die neue Motten-Art Callisto basistrigella aus den Südostalpen vorgestellt. Sie unterscheidet sich morphologisch und genetisch von ihrer Schwesternart C. coffeella, kann aber mit dieser sympatrisch, ohne Hinweis auf Hybridisierung, vorkommen.

Zitat: 

Kirichenko, N., Huemer, P., Deutsch, H., Triberti, P., Rougerie, R., & Lopez-Vaamonde, C. (2015). Integrative taxonomy reveals a new species of Callisto (Lepidoptera, Gracillariidae) in the Alps. ZooKeys, 473, 157–176. https://doi.org/10.3897/zookeys.473.8543 Cite