Der Nachweis von seltenen, versteckt lebenden aquatischen Arten ist mit herkömmlichen Methoden, wie zum Beispiel der Elektrobefischung, oft aufwendig, beeinträchtigt die zu untersuchenden Organismen und ihre Lebensräume und kann nicht immer für große Beobachtungsgebietekostenmäßig eingesetzt werden. Abhilfe kann hier das eDNA-Barcoding (environmental-DNA; Umwelt-DNA) schaffen, bei dem eine Art anhand ihrer DNA-Spuren im Gewässer nachgewiesen wird. In einem Projekt des GVO-Labors sowie der Fachabteilung Oberflächengewässer des Umweltbundesamts wurden dafür Methoden hinsichtlich der Probenahme, der Fixierung der Proben, dem Transport, der Lagerung sowie der DNA-Extraktion und der Amplifizierung der DNA etabliert.

Die gewonnenen Kompetenzen wurden im Rahmen eines biologischen Monitorings an der March von 2017 – 2019 am Beispiel des Schlammpeitzgers, Misgurnus fossilis, getestet. Die spezielle Herausforderung lag u.a. im hohen Anteil an organischer Substanzen in den Gewässern der Marchauen, ersichtlich durch die Trübe, die eine Extraktion von brauchbarem DNA-Material grundsätzlich erschwert. Dennoch konnte gezeigt werden, dass der Nachweis des Schlammpeitzgers mittels eDNA so zuverlässig funktioniert wie der Nachweis mittels der aufwendigeren Elektrobefischung. Obwohl der Einsatz von eDNA noch mit Limitierungen verbunden ist, so kann weder die Anzahl (Abundanz) genau geschätzt werden noch die Vitalität, Geschlecht bzw. Gewicht und Länge der Individuen sowie deren Laichbereitschaft festgestellt werden, handelt es sich um eine vielversprechende Methode. Dank der entwickelten „Standard Operating Procedures” (SOPs) ist diese Methode für eine routinemäßige Anwendung im Umweltbundesamt für zukünftige Studien einsatzbereit.